Naantalin sataman kautta kuljetettiin viime vuonna yhteensä noin 6,84 miljoonaa tonnia rahtia. Kokonaisliikenne oli lähes täsmälleen samalla tasolla kuin vuotta aiemmin.
Ulkomaan liikenteen osuus Naantalin sataman alueen kokonaisliikenteestä oli noin 79 % eli lähes 5,39 miljoonaa tonnia.
Aluskäyntejä oli Naantalin satamassa vuonna 2016 yhteensä 1469, mikä ooli 110 käyntiä vähemmän verrattuna vuoteen 2015.
Tavararyhmittäin tarkasteltuna satamayhtiölle erittäin tärkeässä suuryksikköliikenteessä tavaraa kuljetettiin kumipyörien päällä yli 1,86 miljoonaa tonnia rahtia, mikä oli noin 4 neljä eli lähes 65 000 tonnia enemmän kuin vuonna 2015.
Naantalin sataman kautta matkusti yhteensä 163 336 henkilöä, joista vapaa-ajalla matkustavien osuus oli yhteensä 54 580. Kasvua kirjattiin lähes 10 prosenttia edelliseen vuoteen.
Nestemäisiä irtolasteja kuljetettiin yli 3,95 miljoonaa tonnia. Liikenne pysyi lähes samalla tasolla edelliseen vuoteen verrattuna.
Kuivia irtolasteja kuljetettiin sataman kautta vuonna 2016 yhteensä yli 1,02 miljoonaa tonnia, mikä oli noin 8 prosenttia vähemmän kuin vuotta aiemmin. Väheneminen johtui suurelta osin viljan kuljetusmäärien vähentymisestä. Toinen syy vähentymiseen oli sataman korvausinvestointi ja urakka, johon liittyi vanhan peitehallin purku sekä sen korvanneen uuden hallin puolivuotta kestäneet rakennustyöt.